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SNP Meta(四)—数据库寻找靶基因

2016-06-03 猴哥 弗雷赛斯

找个idea,好难?

没事,我们有大数据呢!看看猴哥是怎么利用大数据选题的!




选题就是找个gene snp位点 和疾病进行配对哦,前提是要相关(有易感性),从病因、发病机制、病理上能说得清楚,这一点在成文中的前言和讨论中显得尤为重要。


先看OMIM数据库(遗传学)




--猴哥,来个糖尿病DM嘛

--好的



找到了位点哦


哇塞,这个位点上有好多gene啊,还有功能介绍



--猴哥,来个肿瘤的

--好的,大肠癌的看看


--哇塞,这么多gene 和大肠癌相关啊

--嗯啊,快把这些基因用excel装起来,查查别人写没有(猴哥)

--恩,好的


--上面的我会了,来个gene吧

--好勒,pd1在路上呢(猴哥)


--可以写pd-1与 ms dp sle哦,猴哥已经查了,没有同学写哦,想写的加快速度哦(猴哥)

--国内有没有可以用的数据库?

--有的哦,你看看GCBI,或许有收获哦!




--做gene snp 和肿瘤的meta分析最多了,那个数据库管用?

--cosmic  (肿瘤学的人都知道)



--找到了这么多基因,这么多疾病,怎么办呢?

--将gene 纵向排列,将疾病横向排列(猴哥),然后 组成一个 i行j列的表,然后我们可以写的文章数就是 i×j哦,别人写过的snpmeta就标记1,最后我们能写的就是i×j-N。


--这就是snpmeta能写这么多的“破剑式”!






META专栏主编


猴哥:Freescience公众号meta分析栏目现任主编。副主任医师,武汉大学肿瘤学博士,专注于胃肠道肿瘤分子生物学机制、系统评价/Meta分析、数据挖掘、临床统计研究。


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